Selon la version officielle des terroristes, le calife autoproclamé Abou Bakr al-Baghdadi partage aujourd'hui le pouvoir avec un conseil représentant les intérêts de la communauté islamique. Ce "gouvernement" réunit des hauts fonctionnaires, des responsables des opérations, de la récolte des impôts, de l'exploitation minière, des pratiques religieuses et d'autres besoins de l'EI.
Un diplomate occidental a expliqué au New York Times que cette idée de répartition des pouvoirs est probablement née après l'analyse des activités d'autres organisations, notamment d'Al-Qaïda dans la péninsule arabique (AQPA), dont des dirigeants sont régulièrement éliminés par des frappes aériennes américaines. L'EI en a tiré des leçons et créé une structure capable de survivre à la perte de chefs haut placés grâce à l'octroi d'une certaine autonomie aux commandants de niveau moyen", indique la source. Elle explique également que le "califat" a minutieusement étudié les informations dévoilées par Edward Snowden. Au final, les dirigeants de l'organisation ont opté pour l'usage de coursiers et de canaux de communication chiffrés.