Le siège de l’unité se trouve à Sébastopol. Le capitaine de vaisseau Iouri Zemskiy qui était précédemment le commandant de l’unité opérationnelle de la marine russe en Méditerranée est devenu chef de nouvelle unité.
La base navale de Crimée a été créée en avril 1976 dans la zone près du lac Donouzlav (Crimée occidentale). Cette base a été dissoute avant 1996. La base navale sud de la marine ukrainienne a été formée sur son site. Elle a cessé d'exister le 19 mars 2014.
En outre, la Flotte de la mer Noire russe a également la base navale de Novorossiïsk.
