L'explosion, qui serait le fait d'un groupe grec, est la première de ce genre depuis l'arrivée au pouvoir en janvier dernier du premier ministre Alexis Tsipras.
Des témoins ont pu voir des débris de verre éparpillés dans la rue. Le siège de la fédération est situé dans l'une des rues les plus fréquentées d'Athènes, à un jet de pierre du Parlement place Syntagma, bordée de cafés et de commerces.
La police a bouclé les alentours du bâtiment tandis que des équipes spécialisées dans les explosifs examinaient les lieux, rapporte Reuters.
Les attentats à l'explosif et les incendies ont en hausse en Grèce depuis 2010, date de l'adoption par le pays des premières mesures d'austérité, très impopulaires, dans le cadre du sauvetage du pays monté par l'Union européenne et le FMI.