La secousse, de magnitude 5,3 selon la même source, s'est produite à 14H21 locales (05H21 GMT) et, compte tenu d'une profondeur faible (10 km), a été ressentie très fortement dans la ville de Hakodate, où elle a atteint le niveau "6 moins" sur l'échelle japonaise, signifiant que les objets et personnes risquent de tomber.
La magnitude était de 5,2 selon l'Institut américain de géophysique (USGS).
Le séisme s'est produit sur les côtes de la baie Uchiura, île Hokkaido
地震発生（14時21分）：渡島地方東部 最大震度：震度5弱以上 https://t.co/uItiT7kPk9 #防災速報 アプリ→https://t.co/yM74yn0qjy pic.twitter.com/tnGYC8hbUC
— 姫路の蜜柑.真穂。 (@K_maho_mikan) 16 июня 2016 г.
Aucun blessé grave ni dégât n'a été signalé dans l'immédiat, a indiqué la chaîne publique NHK qui a interrompu ses programmes, rapporte l'AFP.
Il n'a pas non plus été rapporté d'anomalies dans les diverses installations nucléaires (centrale, usine de retraitement) situées dans la région d'Aomori, également secouée.
Il a connu en avril une série de puissants tremblements de terre dans la région de Kumamoto (sud-ouest), faisant une soixantaine de morts.
Tous les Japonais ont en tête la catastrophe du 11 mars 2011 (séisme et tsunami), qui avait fait 18.500 morts et entraîné l'accident nucléaire de Fukushima.
