C'est donc au mois de février 1784 que la nouvelle histoire de la péninsule prend ses racines.
Avant de rejoindre la Russie, le territoire de l'actuelle Sébastopol s'est retrouvé entre les mains de différents peuples, notamment l'Empire ottoman dont l'expansion a duré plusieurs siècles — de 1475 à 1774. Tout a changé avec l'arrivée de l'Empire russe qui a rétabli son accès à la mer Noire via Sébastopol.
A la fin de la guerre russo-turque en 1774, le Khanat de Crimée est devenu autonome — même s'il dépendait de facto de la Russie car les troupes russes se trouvaient sur son territoire. Ce n'est qu'en 1783 que le khanat a cessé d'exister et que la Crimée, le Kouban et la région d'Azov ont été officiellement intégrées à l'Empire russe.
Ce bourg se trouvait près des ruines de Chersonèse, à proximité du petit village tatar d'Ak-Iar qui a inspiré le nom de la localité — qui signifie "ravine blanche". C'est à Akhtiar qu'ont stationné pour un certain temps les troupes russes envoyées par Alexandre Souvorov. "Ce havre n'a pas son pareil non seulement dans la péninsule mais aussi dans tout le bassin de la mer Noire pour protéger au mieux la flotte et créer les conditions les plus confortables pour les marins", écrivait-il.
Le 14 juin 1783 est considéré comme le jour de la fondation de Sébastopol: c'est ce jour là que les maçons ont jeté les fondements des quatre premiers bâtiments en pierre de la ville — la résidence du contre-amiral d'origine écossaise Thomas MacKenzie, commandant de l'escadre, une forge, une chapelle et un quai.
Ce nom peut se traduire comme "ville digne de vénération". Comme le titre "auguste" est prononcé comme "sébastos" en grec, la ville était également surnommée "auguste" ou "impériale". De nombreux chercheurs lient le nom grec de Sébastopol aux projets ambitieux de Catherine II. Selon cette hypothèse, la Russie envisageait de créer aux bords de la mer Noire une nouvel empire complètement dépendant des autorités russes. Sébastopol aurait dû être sa capitale et accueillir le palais du dirigeant.
Suite à l'arrivée de Paul Ier au pouvoir, la ville a encore une fois changé de nom: l'empereur a ordonné de rebaptiser Sébastopol en Akhtiar — nomination qui a tenu pendant 29 ans, avant que le Sénat ne rende son nom grec à Sébastopol.
Sébastopol a survécu à plusieurs grandes batailles, de la guerre de Crimée que Victor Hugo comparait au siège de Troie, aux troubles civils lors de la révolution de 1917 et à la Grande Guerre patriotique.
Lors de son allocution en Crimée en mars 2014, le président russe Vladimir Poutine a désigné Nikita Khrouchtchev comme l'initiateur de la transmission des terres. Selon lui, le leader soviétique voulait ainsi obtenir le "soutien de la nomenklatura ukrainienne ou réparer sa faute concernant l'organisation de répressions massives en Ukraine dans les années 1930". D'autres raisons possibles sont la création du Canal de Crimée du Nord, le désordre d'après-guerre et l'aggravation de la situation économique à cause du manque de main-d'œuvre.
La Crimée et Sébastopol n'ont été rattachés à la Russie qu'en 2014. Suite au changement de pouvoir en Ukraine les villes de la péninsule ont vu éclater de grandes manifestations pro-russes qui se sont soldées par un référendum. 96,77% de la population ont voté le 16 mars 2014 pour la réunification avec la Russie — avec un taux de participation de 83,1%. Le lendemain, le conseil municipal de Sébastopol a demandé aux autorités russes d'accueillir la ville en tant que partie de la Russie. L'accord sur le rattachement de la Crimée et de Sébastopol à la Russie a été signé le 18 mars 2014 lors d'une cérémonie officielle qui s'est déroulée dans la salle de Saint-Georges du Kremlin.
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