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Tandis que les hypothèses les plus folles circulent autour de l’origine des différents variants du coronavirus et qu’une résistance de la souche sud-africaine au vaccin est sérieusement envisagée, de nouvelles mutations font, semble-t-il, leur apparition dans plusieurs pays. Les scientifiques ont-ils raison d’envisager le pire? Décryptage.

C’est officiel. Le ministère japonais de la Santé l’a annoncé la semaine dernière: un troisième variant du SARS-CoV-2 a été identifié dans le pays, qui viendrait directement du Brésil.

 Découvert chez quatre voyageurs lors d’un test effectué à l’aéroport Haneda de Tokyo, ce nouveau mutant est encore à l’étude afin de déterminer si, comme ses condisciples britanniques et sud-africains, il présente un niveau de contagiosité plus élevé.

Or, les zones d’apparition des variants ne doivent rien au hasard, explique Étienne Decroly, directeur de recherche au CNRS pour le laboratoire Architecture et fonction des macromolécules:

«Lorsque l’on a du mal à contenir une épidémie, le virus circule davantage, explorant l’espace possible de mutations. La majorité d’entre elles vont être éliminées naturellement, car souvent moins infectieuses ou contagieuses, mais de nouveaux variants peuvent éventuellement apparaître.»

En cause donc, la libre circulation du virus dans des zones où une immunité est déjà partiellement installée, «entre autres quand une partie importante de la population a déjà rencontré le virus, créant une immunité.»

«Les variants brésiliens et sud-africains, par exemple, sont apparus dans des régions où une partie importante de la population a été infectée», explique Étienne Decroly pour Sputnik.

Découverts en fin d’année, les variants anglais et sud-africains sont aujourd’hui présents dans plus de 60 pays pour la souche britannique et une vingtaine pour la sud-africaine, précise l’OMS. Ce n’est pourtant pas tout: des souches non identifiées font leur apparition dans différents points du globe, laissant craindre une multiplication des cas. Cette semaine, c’est une flambée de contaminations inexpliquées au centre hospitalier de Compiègne-Noyon qui a suggéré aux chercheurs la piste d’un nouveau variant. Sur les 160 patients Covid et 75 membres du personnel, aucun ne semble être porteur d’une souche déjà connue et de nouvelles études ont été réclamées «pour repérer s’il y a de nouveaux variants non identifiés» a affirmé à Europe 1 la directrice de l’établissement, Catherine Latger. Même scénario outre-Rhin, où un hôpital de Garmisch-Partenkirchen, en Bavière, a détecté ce qui semble être encore une nouvelle mutation du SARS-CoV-2, alors que, là aussi, des études sont en cours pour établir sa carte d’identité génétique et connaître son nombre de mutations, son degré de contagiosité ou encore son niveau d’agressivité.

Les traitements, responsables des mutations?

Si donc, comme l’explique Étienne Decroly, les mutations sont le fait d’une absence de contrôle de la propagation du virus, d’autres scientifiques, dont Didier Raoult, avancent l’hypothèse que les traitements, notamment au remdesivir, seraient la cause indirecte –par une pression supplémentaire à la sélection naturelle– de ces nouvelles souches. 

S’appuyant sur une déclaration de l’Académie de médecine, Alexandra Henrion-Caude, généticienne et ancienne directrice de recherche à l’INSERM, estime que les mêmes mécanismes pourraient être à l’œuvre avec les vaccins, surtout en cas d’espacement du délai entre deux injections.
Tout en réaffirmant hautement probable que les mutations soient principalement le fait d’une libre circulation du virus et d’une mauvaise stratégie de lutte, Decroly n’exclut pas ce type de scénario, sans présumer d’une quelconque contagiosité ni résistance supérieure.

«La nature des virus est de muter c’est leur mécanisme d’évolution naturel. Bien sûr, les virus résistants peuvent apparaître suite à des traitements antiviraux, mais tout semble indiquer que les variants brésilien et sud-africains résultent plutôt d’autres processus, car les antiviraux comme le remdesivir par exemple n’ont que très rarement été utilisés.»

Le scientifique reconnaît néanmoins que le variant sud-africain pose peut-être davantage de difficultés. Celui-ci contient en effet deux variations importantes «touchant deux des trois épitopes [les molécules produisant la réponse immunitaire, ndlr.] jouant un rôle important dans la neutralisation, alors que seul un épitope est altéré chez le variant anglais.» Aussi Étienne Decroly souligne-t-il l’absence, pour l’heure, d’étude sur l’effet de ces mutations sur l’immunité cellulaire, qui joue bien sûr un rôle crucial dans le contrôle de la virémie.

Deux études –l’une de chercheurs de BioNTech/Pfizer, l’autre de chercheurs d’universités britanniques et néerlandaises– ont d’ailleurs conclu à une neutralisation du variant anglais par les vaccins, ce qui ne semble pas être le cas pour le sud-africain. Selon des chercheurs de ce pays, leur souche est largement résistante «aux anticorps neutralisants provoqués en réponse à une infection par des souches en circulation précédemment.» De quoi inquiéter la communauté scientifique et les pays qui abritent cette souche.

Immunité collective contre vaccin

Pour Étienne Decroly, il n’y a pourtant pas de scénario catastrophe à craindre sur les bases actuelles, et le vaccin reste la meilleure arme à disposition. «L’histoire des sciences enseigne que l’on ne gagne jamais une victoire contre les pathogènes en laissant incontrôlées les maladies infectieuses», rappelle-t-il. Il faut donc contraindre le virus en vaccinant de manière constante et rapide:

«Même si nous n’avons encore que des informations parcellaires, rien ne prouve que la vaccination soit rendue inefficace par les nouveaux variants. De plus il reste possible d’adapter les vaccins si certains d’entre eux devenaient problématiques», estime le Dr Étienne Decroly.

Une préconisation que ne partage pas son confrère Laurent Toubiana, chercheur à l’INSERM, pour qui le traitement apporté à cette crise sanitaire est «incompréhensible»

Joint par Sputnik, il reste fidèle aux positions qu’il tenait dès le début de la crise, à savoir que «le monde entier s’emballe pour une épidémie qui est tout aussi mortelle que la grippe si ce n’est moins, car elle tue –indirectement– des personnes qui, pour la plupart, seraient mortes sans cela.» Arrêter le pays de la sorte est bien plus dramatique, maintient l’épidémiologiste.

«Soyons honnêtes, assène Laurent Toubiana. La moyenne d’âge des victimes de ce virus, si l’on exclut les comorbidités, dépasse les 80 ans. Et la stratégie est encore pire que le mal. On s’impose en toutes circonstances un masque inefficace, on se laisse injecter des produits dont on ne sait pas s’ils sont plus nocifs que le virus lui-même et personne ne dit rien. Il faudrait avoir l’honnêteté de reconnaître que l’on ne comprend rien à cette épidémie et laisser le pays tourner.»

Si cette position semble désormais minoritaire dans l’opinion publique –les Français approuvant maintenant majoritairement le vaccin– Laurent Toubiana reste convaincu qu’une immunité collective est la seule solution viable, tout en préférant se «concentrer sur d’autres travaux plutôt que de participer aux spéculations générales totalement hasardeuses.»Une solution qui conduirait à l’éclosion de nouveaux variants, à en croire Étienne Decroly, mais qui aurait l’avantage d’être moins coûteuse et pas moins fiable, plaide Laurent Toubiana.

Un an après son apparition, le virus peine toujours à réconcilier la science… tout comme l’opinion publique.

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